せっかくのホームページもファイルを誤って壊したり削除してしまっては目も当てられません。
サーバーと同じものをパソコン内に全部コピーして保存しておきましょう。
ＣＤやＤＶＤにコピーしておいてもかまいません。
このとき、いつ保存したのか分かるようにしておくのも賢い方法です。
万が一の時には前回保存しておいたファイルから復旧できます。

慣れてきたら修正した部分だけを差分として保存しておくのも良いでしょう。
いずれにせよ、作業前と作業後のファイルは必ずとっておいて下さい。